João Santos licenciou-se em Música Sacra na Escola das Artes da Universidade Católica Portuguesa - Porto (2005). Organista premiado, contactou com diversos vultos de renome internacional e participou em vários concursos, nomeadamente em Alkmaar (2007), Freiberg (2009) e Innsbruck (2010). Apresenta-se regularmente como concertista, destacando-se a Catedral de Westminster, Catedral de Notre Dame de Paris, Orgelfestival Rhür (Alemanha), St. Christoph Summer Festival (Vilnius), entre outros. Foi solista com a Orquestra Clássica da Madeira e tem participações com a Orquestra Filarmonia das Beiras, Orquestra Clássica do Centro e Orquestra Sinfónica Portuguesa - Casa da Música.

João Santos é um compositor premiado nas áreas de orquestra de sopros, música coral e também na área do órgão, onde foi agraciado com dois primeiros prémios do concurso internacional de composição “Órgãos de Mafra”, em 2017 com a Categoria B (transcrição) e em 2019 com a Categoria A (obra original). Tem também assistido a publicações e estreias de obras suas, com encomendas para diversas instituições como o Festival do Estoril-Lisboa, bem como inúmeros pedidos na área da música litúrgica, onde se tem destacado principalmente nas vertentes de arranjo, orquestração e harmonização. Desta atividade, destaca-se a sua colaboração nas revistas Libellus Usualis e Salicus, sendo membro do conselho científico desta última.

João Santos é pianista acompanhador do dueto de contratenores Encanto, com o qual se apresenta regularmente em digressões nacionais e internacionais. Dirige desde a sua fundação o Coro Carlos Seixas (Coimbra) e foi organista titular do Santuário de Fátima entre 2010 e 2018. É organista titular da Catedral de Leiria desde 2007.